Az utca az 1895-ös várostérképen még Alsólőver út néven szerepelt. Utána a Honvéd út nevet kapta az itt létesült honvéd főreáliskoláról, majd 1939–1945 között Gömbös Gyula nevét vette fel. 1945 óta viseli Bajcsy-Zsilinszky Endre nevét.

A város terjeszkedése következtében Sopron Alsólövérek városrészén a 19. század legvégétől kezdtek kiépülni középületek. A ma a Soproni Egyetem központi szárnyainak otthont adó három épülettömb 1898-ra épült fel az egykori Vághy-kert területén Alpár Ignác építész tervei alapján. A főépület előtt állt Ferenc József szobra, melyet 1898-ban avattak fel, egy hónappal felesége, Erzsébet királyné halála után. 1922-ig itt működött a honvéd főreáliskola, melyhez tiszti lakóépület és uszoda is tartozott. 1919 márciusában kezdődött a selmecbányai Magyar Királyi Bányászati és Erdészeti Főiskola Sopronba költöztetése: kezdetben az egykori Károly-laktanyában kapott helyet, majd 1922-ben költözött a honvéd főreáliskola épületébe. A bánya-, kohó- és erdőmérnökképzés 1934-től a budapesti József Nádor műegyetemen belül működött tovább. A bánya- és kohómérnökök képzése az 1950-es évektől Miskolcra került át, majd 1957-től megindult a faipari mérnökök oktatása is Sopronban.

Az utca másik oldalán, a mai Borsmonostori utca – Berzsenyi Dániel utca között működött a Meyne-telep selyemhernyó-tenyésztés céljából. Megszűnte után a terület nagy részét az evangélikus egyház vásárolta meg. Az 1930-as évekig több családi ház épült a területen, valamint az utca felső részén. A líceumi diákotthon mellett U alakú iskolaegyüttest kívántak építeni, melynek csak egyik szárnya épült meg a második világháború végéig: a tervező Winkler Oszkár, a kivitelező Boór Nándor volt. Az egyházi iskolák államosítása után 1996-ig itt működött a Kempelen Farkas Gépipari Technikum. Utána a Nyugat-magyarországi Egyetem Faipari Mérnöki Kar Gazdaságinformatikai Intézetnek adott helyet, jelenleg a soproni tankerületi központ van itt.

A Soproni Egyetem körül nagyméretű, növényritkaságokkal teli botanikus kertet alakítottak ki: itt számos, az egyetemen és jogelődjeiben oktató személy szobra megtalálható, és máig kedvelt zöldterülete a soproniaknak és a városba látogatóknak. A kert 2022/2023-ban ünnepelte fennállásának századik évfordulóját, a jubileumi évben számos programot szerveztek. Az egykori egyetemi uszoda helyén épült 2012-ben a Ligneum Látogatóközpont, amely színvonalas egyetemi programoknak, interaktív erdészeti és faipari kiállításnak ad helyet. Az épületet 2014-ben Winkler Oszkár emléktáblával tüntették ki.

Az 1960-as években a Borsmonostori utca – Bajcsy-Zsilinszky utca sarkán lévő, háborúban megsérült, 7. számú emeletes házat Bognár István építész állította helyre. Ő tervezte a 3. és 5. számú, négyszintes házakat is, melyek az akkori Erdészeti és Faipari Egyetem tanárai számára épültek.

Az utca történetét ifj. Nemes András, a Soproni Múzeum munkatársa mesélte el.

Bajcsy-Zsilinszky Endre (1886–1944) politikus, jogász, újságíró, nemzeti ellenálló. 1918-ban részt vett a Magyar Országos Véderő Egylet megalapításában. Közéleti tevékenységével, publicisztikáival a keresztény nemzeti gondolatot tartotta szem előtt. 1930-ban megalapította a Nemzeti Radikális Pártot, később csatlakozott a Független Kisgazdapárthoz. A nemzetiszocializmus eszméivel szembefordult; 1944 decemberében kivégezték a sopronkőhidai fegyházban.

Tekintse meg kvízünket!